Orta Doğu'da Mavi Barış, Ocak 2019'dan bu yana Irak, Lübnan, Türkiye ve Ürdün’den üyelerden oluşan bölgesel bir yapı tarafından yönetilmektedir. Bölgesel Mekanizma, çeşitli faaliyetleriyle su konusunda siyasi ve teknik diyaloğu kolaylaştırmakta ve üye ülkelerde bölgesel projelerin uygulanmasını, bilgi alışverişini ve kapasite geliştirme faaliyetlerini desteklemektedir.
Bölgesel Mekanizma Üyeleri, devam eden faaliyetlerin ilerlemesini gözden geçirmek, su ve sürdürülebilir kalkınma alanındaki bölgesel gelişmeleri tartışmak ve bölgede Orta Doğu'da Mavi Barış felsefesini ilerletmek için yeni fikirler ve temalar geliştirmek üzere yılda birkaç kez bir araya gelmektedir.
Ocak 2023 itibarı ile Bölgesel Mekanizma, faaliyetlerinin kapsamını sadece su odaklı olması yerine, su-enerji-gıda-ekosistemler arasında daha geniş bir kesişimi kapsayacak bir odağa doğru genişleterek, tüm faaliyetlerini Su-Enerji-Gıda-Ekosistemler Ekseni (WEFE Nexus) Programı şemsiyesi altında yürütmektedir.
Bölgesel Mekanizma, Orta Doğu'da Mavi Barış girişiminin araştırma ve eğitim kısmını oluşturan Su Diplomasisi Merkezi (Water Diplomacy Center-WDC) ile yakın işbirliği içinde çalışmaktadır. Su Diplomasisi Merkezi, 2019 yılında Ürdün Bilim ve Teknoloji Üniversitesi'nde (JUST) kurulmuş olup, 2020 yılında Orta Doğu ve Kuzey Afrika (MENA) bölgesinde su diplomasisi konusunda çalışan bir merkez olarak faaliyet göstermeye başlamıştır.
Bölgesel Mekanizma aşağıdaki şekilde yapılandırılmıştır: